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分子对接（Molecular Docking）
分子对接是一种基于结构的药物设计方法，用于预测小分子配体（如药物分子）与生物大分子受体（如蛋白质）之间的结合模式和结合亲和力。它通过计算模拟配体在受体活性位点的各种可能取向和构象，寻找能量最优的结合状态，从而为药物研发、酶与底物相互作用等研究提供理论依据和指导。
计算模拟技术计算分子对接的方法
基于力场的方法：
刚性对接：将配体和受体视为刚性分子，通过搜索配体在受体活性位点的不同位置和取向，计算它们之间的相互作用能（如范德华能、静电能等），找到能量最低的构象。常用软件如 AutoDock 等。
柔性对接：考虑配体和 / 或受体的柔性，允许分子在对接过程中发生构象变化。这需要更复杂的算法来搜索构象空间，例如遗传算法、模拟退火算法等。软件如 GOLD、FlexX 等可以进行柔性对接。
基于片段的方法：
将配体分子拆分成片段，先将片段与受体进行对接，然后逐步生长成完整的配体分子，同时优化结合能。这种方法可以处理较大的配体分子和更复杂的构象变化，软件如 DOCK 等具有基于片段的对接功能。